โครงการปฏิบัติธรรมของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาเขตอีสาน ขอนแก่น เป็นโครงการในหลักสูตรการเรียนการสอน ของทุกหลักสูตรในมหาวิทยาลัย ทั้งป.ตรี ป.โทและป.เอก เป็นแนวนโยบายหลักของแต่ละหลักสูตรเพื่อให้เป็นกิจกรรมที่สอดคล้องกับพันธกิจหลัก ในการผลิตในควบคู่กับศีลธรรม จริยธรรม ตามแนวพุทธศาสนา และเป็นอัตลักษณ์ของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ทางมหาวิทยาลัยจึงได้มีการจัดให้นักศึกษามีการปฏิบัติธรรมทุกปีการศึกษา โดยในปีการศึกษา 2564 ก็มีการปฏิบัติธรรมในสถานที่ที่เหมาะสม ปริญญาโทและปริญญาเอก ณ วัดมกุฏวิมุตติคีรี(ภูขาด) ,วัดป่าทรงศิลา(ถ้ำกวาง) อ.เวียงเก่า จ.ขอนแก่น,วัดเขื่อนจุฬาภรณ์ อ.ภูเขียวจ.ชัยภูมิ และระดับปริญญาตรีทั้งภาคปกติและภาคพิเศษ ณ อุทยานธรรม150ชาตกาล หลวงปู่มั่น ภูริทัตโต ภายในมหาวิทยาลัย